UniFi Controller, cihaz gruplarını ve site konfigürasyonlarını yönetmek için yöneticilerin mantıksal olarak ayrılmış birden fazla siteye sahip olmasını sağlar. UniFi Yapılandırma, Örneğin, bir site, her ikisi de tek bir birleşik denetleyiciden yönetilen farklı SSID’lere veya güvenlik protokollerine ihtiyaç duyan Doğu sahilinde ve Batı sahilinde bir bina olabilir. Her sitenin kendine ait konfigürasyonları vardır, yani Kontrolörün Ayarlar bölümünde yapılan değişikliklerin çoğu siteye göredir: Kablosuz Ağlar, Konuk Kontrolü, Ağlar, sadece birkaç isim. Bir site silinirse, tüm bu yapılandırmalar da silinir.